源生小程序开发、H5 小程序开发和 UniApp 开发系统程序有以下区别：

技术架构

源生小程序开发：使用微信原生的开发框架，采用 WXML 和 WXSS 编写 UI 层，JavaScript 编写逻辑层，开发出来的应用在小程序中运行。

H5 小程序开发：通过 HTML、CSS 以及 JavaScript 等 Web 标准技术栈开发，可以在手机端网页中打开使用，但与源生小程序相比受到了一些性能和体验上的限制。

UniApp 开发系统程序：是基于 Vue.js 的跨平台开发框架，可同时生成多个平台（包括 H5、小程序、APP）的程序，并支持同步热更新。UniApp 实现了跨端组件化方案，可以实现真正的代码复用，在不同平台间保证 UI 和体验一致。

应用范围

源生小程序开发：适用于需要定制小程序以及对小程序性能要求较高的场景。

H5 小程序开发：适用于需要较快地搭建网页应用并且对性能和体验要求不是非常严格的场合。

UniApp 开发系统程序：适用于需要将开发成本尽量降低、跨平台开发、快速迭代和复用代码等场合。

开发成本

源生小程序开发：由于使用微信原生框架，需要熟练掌握相关的开发技术和工具，在项目时间短且需求较为简单时成本相对较低。

H5 小程序开发：因为其采用了 Web 标准技术栈，直接使用浏览器进行开发，开发成本较低。

UniApp 开发系统程序：可以实现一份代码多端运行的效果，大幅度降低了开发成本，比如可以引用 uni-app 组件库来提高开发效率。

总体来说，不同的应用场景和需求决定了在开发系统程序时采取什么样的开发框架，需要开发者根据自身产品业务以及要求进行选择。