网站建设公司可以采取以下方法来有效管理人工工时：

1. 建立明确的工时记录系统：公司可以使用工时记录系统来跟踪员工的工作时间和任务分配。这可以是一个专门设计的软件，也可以是一个在线的项目管理工具。员工需要记录每天的工作时间，包括开始和结束时间，以及所从事的具体任务。

2. 项目计划和时间管理：在每个项目开始之前，制定详细的项目计划和时间表。确保每个任务都有清晰的时间预估，并跟踪实际工时与预估工时的差异。这有助于识别项目中的工时偏差，并及时采取措施进行调整。

3. 资源分配和人力规划：公司需要做好人力资源管理，根据项目需要合理安排员工的工作任务和工作量。确保资源的合理分配，避免某些员工过载或资源浪费的情况发生。

4. 管理和监督：经理或团队负责人需要对员工的工时进行监督和管理。检查员工的工时记录和任务完成情况，并与他们进行定期的沟通和反馈。及时解决工时管理方面的问题，确保工时的准确性和透明度。

5. 培训和提高效率：为员工提供培训和支持，帮助他们提高工作效率和时间管理技巧。分享时间管理的最佳实践和工具，以便员工能够更好地管理和优化他们的工时。

6. 自动化和工具支持：尽可能利用自动化工具来减少手动工时记录的错误和时间消耗。使用项目管理软件、时间追踪工具和协作平台可以帮助简化和优化工时管理流程。

7. 数据分析和持续改进：定期分析工时数据，识别潜在的问题和瓶颈。根据反馈和数据分析的结果，不断改进工时管理策略和流程，以提高效率和准确性。

通过以上方法，网站建设公司可以更好地管理员工的工时，避免时间浪费和资源闲置的情况，提高项目交付的效率和质量。